牙根囊肿的原因有龋齿、根尖周炎、根尖囊肿以及黏液腺囊肿等，建议患者及时去医院进行口腔检查以及影像学检查等，根据不同的病因选择针对性的治疗方法。牙根囊肿主要是由于牙根处肉芽肿或脓肿所致，患者需要注意口腔卫生，避免食用辛辣刺激性的食物。
1、龋齿：也称为蛀牙，主要是由于细菌感染所致，患者牙齿硬体组织被破坏，随着疾病的发展，可能会引发牙髓炎等。患者可能会对外界的冷、热、酸、甜等刺激比较敏感，要全面询问患者的饮食习惯、口腔卫生保健方法、用氟情况和全身健康状况，同时仔细检查患者的牙齿发育和矿化、牙面菌斑聚集、牙齿排列、有无修复体和唾液分泌情况。对于尚未形成窝洞的早期龋齿，可以通过去除病原物质如牙菌斑等予以处理，并局部涂氟，防止龋化加重。对于已形成龋齿洞的病损，需要人工修复，可选择充填修复或嵌体修复等方式；
2、根尖周炎：是发生在牙根尖周围的炎症性疾病，患者通常可以出现自发痛、咬合痛，伴随发热、乏力等，严重时可能会出现面部肿胀、压痛、进食困难等症状，医生会根据患者的病情以及牙齿所出现的症状进行对症治疗，如药物治疗、手术治疗等。常用的药物有头孢拉定、头孢呋辛等头孢类抗生素，或牛黄解毒片、甲硝唑、奥硝唑等药物进行处理，手术治疗常用的方法为根管治疗或根尖手术，清除根管内感染，去除病变的组织、肉芽等，严重者可能需要拔除病变牙齿；
3、根尖囊肿：由于病原微生物的入侵，如真菌、细菌等，患者牙根有可能波及牙神经，出现牙神经坏死物质刺激根尖周组织出现囊肿，需要对患牙进行彻底的根管治疗，根管治疗后如果根尖部囊肿缩小或者不再扩大，患者也没有任何异常症状，进行观察即可，并不需要做手术。如果根尖囊肿没有任何缩小的迹象，甚至在扩大，则需要进行牙根部囊肿的手术。如果患者的囊肿比较小，进行常规的根尖手术可以切除，如果患者的囊肿很大，已经造成了根尖部上颌骨的破坏，或者牙根已经离近上颌窦、下齿槽神经管很近，患者可能会出现疼痛、创伤、肿胀等反应，或者患者有可能无法配合局麻，需要选择全麻手术进行较大的囊肿切除；
4、黏液腺囊肿：是常见的唾液腺疾病，通常由于导管堵塞、导管破裂以及口腔卫生习惯不好等原因所导致，患者会出现疼痛、吞咽困难、说话不清等症状。如果患者病情不是很严重，可以采取囊液抽吸的方法，抽吸后可采用药物治疗，如头孢氨苄等头孢类抗生素，防止感染，如果患者病情比较严重，需要及时进行手术治疗，如舌下腺切除术等。