患者长时间咳嗽最常见的原因是呼吸系统慢性疾病，比如慢性支气管炎、慢性喘息性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、支气管扩张、间质性肺病等等，都可能会出现长时间咳嗽的症状。另外，可以见于呼吸系统的亚急性或者慢性咳嗽疾病，比如感染后咳嗽、咳嗽变异性哮喘、变应性咳嗽、嗜酸细胞性支气管炎，或者胃食管反流性咳嗽等等。
如果是呼吸系统慢性疾病引起来的咳嗽，可以采用中医中药辨证治疗。如果是咳嗽变异性哮喘，可以采用口喷激素进行抗炎治疗。如果是感染后咳嗽，可以给予抗过敏的药物进行治疗。如果是胃食管反流性咳嗽，可以用抑酸药物进行治疗。如果是变应性咳嗽，用抗过敏的药物或者口喷口激素抗炎进行治疗。如果是嗜酸细胞性支气管炎，可以用口服或口喷的激素抗炎进行治疗。