所谓潜伏期是指从感染病毒以后，到出现临床表现所经历的时间。生殖器疱疹在感染了这个病毒以后，不是所有的人都会出现临床表现。对于一些感染以后出现临床症状的感染者，一般它的潜伏期是3-9天，一般平均大概在5-7天。
感染的时候虽然病毒进到了体内，如果感染者的身体免疫力非常好，这时可以完全不出现临床症状。病毒潜伏在身体里面，经过若干年以后感染者的身体免疫力降低，或者是由于年岁增加以后，它会出现相应的临床表现。年轻的时候可能出现了感染，但是等上年岁以后才出现典型的生殖器疱疹的表现。感染后经过潜伏期可以出现相应的临床表现，常见的临床表现就是在局部出现红斑，上面有一些群集的小水疱，会伴有疼痛或者是烧灼感。水泡经过几天的时间，一般四五天达到高峰期，之后开始进入好转的趋势，差不多经过10天到2周的时间，皮损会干燥结痂，然后脱落。
生殖器疱疹可反复发作，对病人的健康和生理影响比较大。还可通过胎盘以及产道感染新生儿，导致新生儿先天性感染。因此，生殖器疱疹是较为严重的公共卫生问题之一，应重视对生殖器疱疹的防治。