阿奇霉素的副作用主要是用药后可能会出现恶心、呕吐、腹泻、腹痛、消化不良、头晕、头痛、皮疹和阴道炎。如果出现肝炎的症状，像食欲减退、腹胀、厌油腻的食物、恶心、呕吐、易疲倦或皮肤过敏的症状，应该立即停药就诊。
阿奇霉素还可能会导致艰难梭菌相关性的腹泻，有的在停药两个月后仍然可能会出现，主要的表现就是水样便或血性便，可能伴有胃痉挛和发热，如果出现以上的症状需要及时去看医生。
另外，服用的时候有注意事项，比如食物可以降低阿司匹林的吸收，最好在餐前一小时或餐后两小时服用。但是部分厂家的片剂和干混悬剂是允许与食物同服的，所以需要严格按照说明书来使用。