近亲繁殖会畸形，是因为近亲可能会携带相同的致病基因，遗传给后代的可能性会更大，包括多因素疾病和少见的常染色体隐性遗传病。近亲繁殖与正常人群的随机选择性婚配繁殖相比，致畸形发病率可高出数倍或数十倍，且近亲系数越大，致畸风险性越高。
常染色体隐性遗传病在群体中繁衍后代，携带者致畸的频率低。但是在近亲繁殖中，双方由于基因来源相似，存在同一种致病基因的概率较大，而后代就可能会同时继承双方的致病基因，出现遗传病。
近亲结婚者，隐性遗传病的发病率比随机人群高数十倍，一些罕见的常染色体隐性遗传病也会出现，而且孩子出生的形状非常之怪异。近亲婚配不仅增加了后代的有害隐性基因纯合子的发生风险，而且增加了后代对多基因或多因素疾病的易感性，因此一定要避免近亲繁殖，积极进行婚前检查和夫妻双方遗传基因检测，保证优生优育。