胎儿整个孕期都是在发育中，只是胎儿重要器官的结构发育在孕早期，一般胎儿孕12周后不会发生较大的畸形。但部分胎儿畸形可能要等到孕中期，所以整个孕期都需要定期孕检观察胎儿发育情况。
胎儿各器官分化和形态发生的时间不一，每个器官都有各自的畸形易发期，胚胎发育是由细胞分化、组织诱导、形态发生和胚体整合等一系列生命现象组成的复杂程序性表达过程。一般胚胎发育的各个阶段均能发生畸形，但易发程度有很大差别，最易发生先天畸形的胚胎发育阶段，称为畸形易发期，通常在孕12周前即怀孕早期。因为属于胎儿发育的关键时期，在此阶段要完成胎儿神经、循环、呼吸、泄殖等系统的结构发育和组织分化，且多数功能成熟，四肢生长、颜面融合也在此时期，所以在孕12周以后，一般不会再出现大的结构畸形。
但如果有羊水过少，可能在孕中晚期也会发生胎儿受压或受限，仍可能导致畸形。如果是男性胎儿，睾丸在孕28-32周才会下降至阴囊内，外生殖器才发育成形，此阶段可能会发生隐睾。
