选择敏感抗菌药物是治疗重点。根据药敏试验结果应用青霉素、氨苄西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、万古霉素等抗菌药物治疗，治疗疗程根据感染部位、严重程度、治疗早晚、机体免疫状态来决定。
一、一般治疗
注意休息、保证睡眠、清淡易消化饮食，注意高营养、高维生素饮食。肠道感染忌食生冷、油腻，注意少渣、软食。避免辛辣、刺激性食物。尿路感染需注意多饮水，严重患者不能进食者，需静脉高营养。
二、药物治疗
1、肠球菌对青霉素、氨苄西林、哌拉西林呈中度敏感，需加大剂量，肠球菌目前对上述药物也有耐药，可选择氨苄西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦。
2、肠球菌对头孢类抗菌药物、氨基糖苷类、磺胺类固有耐药，单用无效。但应用青霉素类、万古霉素针对细胞壁的药物后氨基糖苷类可进入菌体内，发挥协同作用。
3、肠球菌对万古霉素、替考拉宁有高度敏感性，绝大多数疗效好，但个别情况也有耐万古霉素的肠球菌，尤其屎肠球菌，可以选择利奈唑胺治疗。
三、手术治疗
本病暂无需手术治疗