目前化疗、手术仍是儿童肿瘤最主要的治疗手段，放疗只限于个别肿瘤。医生会根据患儿的身体耐受状况、疾病类型、进展阶段、并发症情况以及家长意愿制定个体化的治疗方案。
一、手术治疗
1、局部切除手术：如果是良性肿瘤或恶性肿瘤侵犯的范围有限、体积较小，医生会将肿瘤及其临近组织局部切除。
2、根治性切除手术：如果恶性肿瘤病情严重，体积较大，侵犯周边组织，则需要采取根治性切除手术，将该处理的肿瘤及受其影像的脏器和淋巴结尽数切除，减少复发风险。
3、术前放化疗：在手术前，通过放化疗缩小肿瘤组织的体积，降低手术切除的难度。
4、术后放化疗：在手术后，通过放化疗尽可能清除患者体内残留的肿瘤细胞，降低复发风险。
二、放射治疗
放疗是应用高能量射线来摧毁恶性肿瘤细胞，通常与其他方案联合应用。由于放疗对患儿的伤害程度远远超过成年患者，因此医生在治疗过程中需要反复权衡利弊。既要获得尽可能好的治疗效果，又要避免放疗对儿童造成过于严重的损害。
三、化学药物治疗
化疗药物一般是治疗恶性肿瘤的基础方案，它们可以有效杀灭快速增殖的肿瘤细胞。随着小分子靶向药物和抗体类药物陆续上市，它们的作用往往更具针对性，使得肿瘤治疗更为精准、强效。此类药物与传统化疗药物联合应用，可以获得更为显著的疗效。
四、其他治疗
干细胞移植治疗：患儿首先要通过基因配型，获得适合的捐献者提供的骨髓或外周血干细胞。然后医生会采用大剂量放、化疗进行清髓治疗，杀灭患儿骨髓中的所有细胞，无论是健康细胞还是恶性肿瘤细胞，最后将捐献者的干细胞通过静脉注入患儿体内。干细胞会自行进入骨髓并定殖，大约需要几个月的时间，才会逐步产生新的健康血细胞。
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