低聚木糖经常被加入饮料、奶制品或保健品中，一般低聚木糖并没有明显害处，可以放心食用。低聚木糖可以促进肠道双歧杆菌的增殖活性，抑制有害菌，对大肠杆菌、肠炎沙门氏菌等病原菌有较强的吸附力，并且低聚木糖不被肠道消化酶降解，可吸附病原菌通过肠道排出体外，同时可以刺激肠道蠕动，防止便秘。所以低聚木糖可以做到双向调节，有辅助治疗腹泻和便秘的功效。
由于低聚木糖不会被肠道吸收，可直达小肠为有益菌所利用，不会引起血糖升高，所以可以作为糖尿病患者的代糖使用。低聚木糖还可以增加肠道内有机酸的分泌，从而促进钙、镁、磷等矿物质吸收，并且热量较低，减肥人群也可以食用。
虽然低聚木糖没有明显的害处，但不建议一次性大量摄入，否则可能会引起肠道不适，导致腹泻等症状，尤其是对于本身存在腹泻的人群，应减少低聚木糖的摄入量。
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