肠道原虫按照寄生部位分类，可以分为腔道内寄生原虫，阴道和血液及组织内寄生原虫，或有核细胞内、肝、肺、脑及其他组织内寄生原虫，如蓝氏贾第鞭毛虫、人芽囊原虫，阴道毛滴虫或溶组织内阿米巴。
一、肠道内寄生原虫：
1、蓝氏贾第鞭毛虫：喝了不干净的水，或误食被污染的食物，可能会出现蓝氏贾第鞭毛虫病感染，主要存在于人体小肠和十二指肠，会引起腹痛、腹泻等症状；
2、人芽囊原虫：患者接触了人芽囊原虫感染的人，可能会引起人芽囊原虫病，该原虫存在人体肠道内，可以入侵肠道黏膜内，引起腹泻、腹胀、恶心呕吐等症状，严重时甚至会出现发烧、寒颤等。
二、阴道和血液及组织内寄生原虫：
阴道毛滴虫主要寄生于人体的泌尿生殖道。可导致滴虫性阴道炎及尿道炎，是妇科常见疾病，主要通过性接触传播，其他毛滴虫一般不致病。
三、有核细胞内、肝、肺、脑及其他组织内寄生原虫：
如溶组织内阿米巴，也叫痢疾阿米巴，溶组织内阿米巴滋养体侵袭肠壁，可引起阿米巴肠病，此原虫一般存在在结肠内，会使患者出现发热、腹痛、里急后重等症状。