吃甲钴胺之后部分患者会因为体质特殊性而引起过敏，出现皮疹，同时会伴有发热、出汗、肌肉疼痛的症状，需要及时停止使用药物。长期使用甲钴胺会导致神经元细胞敏感性增加，从而引起透露部位出现感觉异常，例如头晕、头痛的症状，长期肌肉注射甲钴胺会导致局部肌肉注射的区域出现疼痛，也会引起局部血栓形成过多而引起硬结，会引起该部位皮肤因为轻微的缺血、缺氧引起皮肤苍白，或者皮肤表面出现干燥。
长期服用甲钴胺也会引起血压下降，导致频繁性头晕、头痛，也会引起呼吸困难，这也是因为过敏引起的，需要及时进行相应治疗，避免出现呼吸衰竭。