耳内镜是通过腔镜明确外耳道、鼓膜、中耳等处情况的一种检查，在进行耳内镜检查时，不会导致耳朵受到损伤，因此一般对耳朵没有伤害。
医生会将耳内镜从受检者耳道口轻轻地沿着耳道方向插入耳道深部，可以观察受检者耳道壁有没有肉芽，或者局部有没有隆起、红肿等情况。耳内镜插入耳道深部就可以看到鼓膜，也可以观察到鼓膜有没有充血、穿孔、明显红肿等。在耳内镜插入的过程中，医生会截取2-3个图片作为最后报告。当耳道及鼓膜仔细观察之后，检查医生就会将耳内镜从耳道内撤出。在整个检查过程中，由于耳内镜比耳道口细，检查医生动作也会较轻柔，所以一般不会伤害到耳道壁皮肤及鼓膜，对耳朵没有伤害。
在检查过程中，可能会由于受检者耳道较狭窄或检查医生的手法不熟练，导致受检者感受到轻微的疼痛，但不会造成损伤，所以不必过于担心。