凤仙透骨草与透骨草的区别在于原植物、药效等方面，患者使用前需先咨询医生，遵医嘱选择合适的药物，以免药不对症而加重机体不适。
1、原植物：透骨草分为南北方所用原植物不同，南方是用凤仙花植物凤仙的全草，与凤仙透骨草相同，处方名是透骨草、凤仙草。而北方炮制透骨草时则选用大戟科植物地构草的全草，地构草茎呈圆柱形，表面淡绿至灰绿色，有灰白色的绒毛，质地较为坚硬且容易折断，断面呈黄白色。而凤仙茎粗壮、直立、肉质，一般无毛；
2、药效：透骨草性温、味辛，有小毒，归于肝经、肾经，能够祛风湿、活血、止痛等，可以在医生指导下煎水外用，以减轻风寒湿邪积聚所致疼痛、筋骨挛缩等。而凤仙透骨草虽有小毒，归于肝经、肾经，但味苦辛、性平，也可以起到祛风湿、活血、止痛等作用，但经煎煮后一般用于跌打损伤、痛经、闭经等。
因为凤仙透骨草、透骨草均具有毒性，应用前需先咨询中医内科医生建议，避免过量饮用而引发药物中毒症状，以免出现面色苍白、精神不振、昏迷等症状。并且两种药物药性温平，过量服用还会导致体内阴阳失衡，容易出现上火。