多数患者到医院灌肠时，会有一定程度的不适感，因为正确操作下的灌肠，虽然不会给患者的身体造成损害，但因为灌肠需要将灌肠专用溶液经肛门注射进肠道内。因此患者可能感受到轻微的异物感，还会有腹胀以及想排便的感觉，但一般均在可忍受范围内。但不排除一些体质敏感的人群，感觉有些难受。
另外，少数本身患有肛裂、痔疮等患者，在进行灌肠过程中有可能会感受到痛苦，但这并不是灌肠这一操作行为引发的，而是本身存在的疾病导致。
灌肠是临床操作中比较常见的治疗方法，也是为部分消化道疾病检查做准备的一种常用方法。主要是针对肠道疾病进行检查和治疗，比如细菌性痢疾、慢性或溃疡性直肠炎、结肠炎、结直肠癌以及便秘等。还有部分小儿在临床诊断中，可通过灌肠注入水合氯醛起到镇静安眠作用，使小孩在睡眠中进行睡眠脑电地形图的检查，提高诊断率。