做肠镜的检查时间与患者体型、医生技术水平都有相关性，大部分在15分钟左右可以完成。
做肠镜除去前期的肠道准备时间，从患者躺在检查床上开始算起，普通肠镜一般在10-15分钟内可以完成，无痛肠镜前期可能需要打针、监护、吸氧、摆体位，需要用几分钟时间，检查时间相同，一般是10-15分钟。对体型比较好的患者，不胖不瘦、个子不高不矮，可能更容易，年龄越轻的患者做肠镜则自身功能越好、做肠镜的时间越短，时间较快的可能5分钟结束。如果遇到比较胖、腹部大或者非常消瘦的患者，可能做的时间会超过15分钟甚至30分钟。
检查当日要空腹，肠镜检查后在6小时内禁止进食水，可以进食以后也需要食用清淡、易消化的流食，3天后才能够逐渐恢复正常的饮食。