扁桃体炎分急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎，急性扁桃体炎往往是细菌感染导致扁桃体的急性感染性炎症，最有效的药物其实就是抗生素，能有效杀灭细菌，通过这来控制炎症感染，来缓解症状，常用的有青霉素类，如阿莫西林，还有头孢类，如头孢拉定、头孢呋辛酯、头孢克洛、头孢地尼和头孢克肟等，这两类抗生素使用时要注意，可能容易出现过敏反应，如果出现皮疹、瘙痒这种情况，可能要注意停药。
除了上述两类药物以外，还有红霉素类，红霉素类常用的有阿奇霉素、罗红霉素和克拉霉素等，如果对上述两类药物过敏的这些患者，可以选用红霉素类，还有喹诺酮类，喹诺酮类常用的左氧氟沙星、甲磺酸左氧氟沙星、莫西沙星等，但这类药选择的时候要注意，18岁以下的儿童是不建议使用的，因为会影响骨骼的发育，除抗生素类以外，可以适当辅助清热去火、消肿抗炎的中成药。
此外，还可以配合进行雾化吸入治疗以及局部含漱液、咽部喷剂辅助缓解症状，对于慢性扁桃体炎往往是因为急症扁桃体炎反复发作以后，引起的扁桃体肥大和增生，这种情况下就没有什么所谓的特效药了，如果慢性扁桃体炎扁桃体过度肥大，有时候是需要手术切除的。