灌肠可能会痛苦，但因为每个人的体质不同，所以产生的损害程度有一定的偏差。临床上进行灌肠操作会需要10-30分钟的时间，具体时间要结合个人的情况以及不同的灌肠方式决定，如不保留灌肠、保留灌肠。
1、不保留灌肠：主要应用于缓解便秘，将肥皂液或生理盐水通过管道灌入肠内，能够软化大便、润滑肠道，帮助便秘严重的患者排便，管道插入的过程中一般会导致肠道壁受到刺激，容易引起肠道出现隐痛的症状，也有出现肚子难受的可能性，等到液体达到一定内容量以后，还会出现排便的感觉，有一定的痛苦感。灌肠操作一般只需要几分钟，但需要患者将灌肠液在肠道内保留5分钟左右，充分软化大便、润滑肠道，可能会需要大概10分钟的时间完成灌肠；
2、保留灌肠：主要是要将药物灌入肠道内，经肠黏膜直接吸收，针对阿米巴痢疾等肠道性疾病会有较好的治疗效果，需要通过管道将药液灌入肠道内。一般为防止药液漏出，插入的管道较长，也可能会造成一定的刺激感，但大部分会涂抹石蜡油等润滑液，减轻患者的痛苦感。此操作一般也只需要几分钟即可完成，但为了药物更好被吸收，通常建议患者在30分钟后再进行其他活动。
灌肠后需要做好个人的护理工作，患者要保持肛门部位的清洁卫生，否则会导致局部出现感染炎症的概率增加。