人体肠道内寄生着10万亿个细菌，大致可分为有益菌、有害菌、中性菌三类，其按照一定的比例组合，各种菌群相互制约、平衡，对维护人体健康、促进人体正常发育起着至关重要的作用。
1、有益菌：即属于常言的“益生菌”的范畴。主要对胃肠道进行营养物质的分解、代谢、吸收和消化。同时，这类菌群也能抑制病菌群的生长，分解肠道内的有害和有毒物质，如乳酸杆菌、双歧杆菌；
2、有害菌：肠道菌群平衡打破，有害菌大量生长，就会引发多种疾病，产生致癌物等有害物质，或者影响免疫系统的功能，如沙门氏菌、金黄色葡萄球菌；
3、中性菌：即具有双重作用的细菌，在正常情况下对健康有益，一旦增殖失控，或从肠道转移到身体其他部位，就可能引发许多问题，如大肠杆菌、肠球菌等。