脑器质性精神障碍应针对精神障碍对症治疗，根据不同症状选用合适的精神药物，该病需长期持续性治疗，该病还应积极治疗原发病，必要时可采取手术治疗。
一、一般治疗
患者应注意休息，积极治疗原发病，若是有脑肿瘤，应手术切除肿瘤组织，或使用放疗或化疗的方式治疗；若是有脑梗塞，可使用抗凝、清除自由基、改善循环等药物治疗。
二、药物治疗
1、对兴奋躁动者可选用奋乃静、地西泮、氟哌啶醇等。
2、对幻觉妄想者可选用奋乃静、氟哌啶醇、利培酮、喹硫平等。
3、对抑郁状态者可选用三环类抗抑郁药，如阿米替林、多塞平；或选择性5-HT再摄取抑制药，如氟西汀、帕罗西汀、西酞普兰等；还可以选择5-HT-NE再摄取抑制药如文拉法辛等。
4、对意识障碍者可选用甲氯酚酯、胞二磷胆碱等，慎用镇静药和抗精神病药。
三、手术治疗
对于脑肿瘤引起的脑器质性精神障碍，可选用手术的方式进行治疗，一般是通过手术切除肿瘤组织。
四、其他治疗
高压氧舱治疗：可以提高血氧浓度，改善低氧血症，使脑组织的低氧程度得到改善，在一定程度上可以缓解脑器质性精神障碍的症状。