化橘红并没有六大危害这个说法，副作用也没有明确，一般人适量服用，或对症患者按医嘱服用，通常不会产生明显危的害。化橘红性质温和，但因每个人体质不同，如果服用不对症，可能会有一些危害。
若有嗜睡、纳差气虚等表现者服用化橘红，或者口干、失眠多梦、月经不调、潮热盗汗、咳黄色粘稠样痰液的阴虚表现者服用化橘红，可能会使相应症状进一步加重。一般人群平时也不宜多食，以免增加身体负担，且因其性质偏温，若天气较热时大量服用，往往会导致口咽干燥，适宜在天气寒冷时适量服用。
化橘红主要的入药部位为植物未成熟或快成熟的干燥果皮，其味辛、苦，性温，归肺、脾经，可以止咳平喘、解酒、消食、燥湿化痰，主要用于治疗咳嗽痰多、食积伤酒。此外，化橘红还有健脾祛湿的功效，湿气较重者，表现如头昏头重、食欲不振、大便溏泻、舌苔厚腻等，可以适当服用一些化橘红，用以祛湿。运用该药时，应在医师指导下进行，不能擅自用药。