脑梗塞当中的脑干梗塞，是急性发作很危重的病症，对脑干的损害非常严重，脑干当中有颅神经、呼吸循环中枢，可以造成神志的障碍、四肢瘫、抽搐、脑疝等非常危险的临床症状和体征，在急性期可以出现危险，在缓解期再加上合并症和原发病等综合作用，也使患者预后不是很好。
在超早期发现了脑干梗塞以后，能够适合溶栓的应该及早进行溶栓，再加上综合的治疗改善循环，保护脑细胞，防止合并症，控制好生命体征以及营养支持疗法等综合措施，可以取得一定的效果。在缓解期加上康复的治疗，防止合并症，治疗基础病，做好二级预防等，轻症的病患可以有比较好的预后。总的来看，脑干梗塞的治疗效果以及预后是比普通脑梗塞患者的预后要差。