肺孢子菌是真菌，肺孢子菌分布于自然界、人和多种哺乳动物肺内，孢子菌的超微结构以及基因和编码的蛋白均与真菌相似，故将其归属于真菌。如出现肺孢子菌感染的现象，可使用抗真菌的药物进行治疗，还需做好日常卫生护理、增强体质，避免再次感染。
肺孢子菌为单细胞型，兼具原虫及酵母菌的特点。可经呼吸道吸入肺内，多为隐性感染。对于免疫缺陷或免疫功能低下者，可引起感染，即肺孢子菌肺炎。多数艾滋病病人可合并该病。发病初期为间质性肺炎，病情迅速发展，重症病人因窒息可在2-6周内死亡。该菌也可引起中耳炎、肝炎、结肠炎等。可通过痰或支气管盥洗液中经革兰或亚甲蓝染色检出亦可用免疫荧光技术、补体结合试验检查血清中的特异性抗体，进行辅助诊断。
肺孢子菌引起的感染暂无有效的预防方法，病人应进行隔离。对于长期大量应用免疫抑制剂者应警惕，免疫力下降后，可能使感染肺孢子菌的几率增大。治疗时可选择复方磺胺甲噁唑片、注射用醋酸卡泊芬净等药物进行治疗。