猴头菇食用方法多种多样，可煮、炒、炖汤等，干制的猴头菇带有苦味，用干制的猴头菇炖汤喝，建议用量不必太多，以免煮出来的汤味道发苦，影响食用口感。
猴头菇虽然营养丰富，但也存在一定的禁忌。由于猴头菇属于菌类，食用后也可能会导致过敏，因此部分对菌类食物容易过敏的人群应避免食用。并且猴头菇属于高营养的滋补品，中医认为体内火旺者不宜进行滋补，以避免滋补过甚，引起流鼻血、加重上火等症状。
猴头菇含有多种氨基酸、碳水化合物、维生素、矿物质等，适当食用可以为人体提供充足的营养元素，是一种老少皆宜的食材。但需要注意保存时要放在阴凉、干燥的地方，否则容易出现发霉、虫蛀的情况，通常变质的猴头菇，会产生大量毒素及微生物，食用后可能会引起恶心、呕吐、腹泻等中毒症状。