角膜共焦显微镜是用于检查角膜情况的手段，可以直观地显示角膜神经分布及形态学改变，与传统的光学显微镜相比，具有高放大倍数、高分辨率的优点。
角膜共焦显微镜可以使活体正常人角膜的各层结构得以显示，与传统的光学显微镜和电镜检查相比，能在三维空间、实时、活体条件下对角膜组织进行无损伤的光学断层扫描成像，无需组织切片、固定和染色，就能观察到角膜各层细胞、神经及胶原等形态结构。并且可用于观察上皮完整的早期病变、病原体精确的深度定位，还可观察病原体周围组织情况，是一种无创伤性诊断工具，在数分钟内即可对角膜全面检查并且可研究其动态变化。
例如在角膜炎的诊断中，通过角膜共焦显微镜可发现，不同病原体(如真菌、病毒、棘阿米巴虫等)感染的镜下表现不同，以此可判断感染真菌类型、明确角膜病变程度及范围，并采取针对性治疗措施。在角膜移植手术中可用于术前病变角膜的深度判断、细胞活跃程度，以及术后随访观察病原菌是否复发、神经纤维再生等方面。在糖尿病周围神经病变的诊断中可以通过观察角膜神经纤维的变化，评估糖尿病周围神经病变的病理改变。
角膜共焦显微镜是一种非侵入的客观检查方法，对于角膜疾病的诊断有重要意义，有需要者可以去眼科就诊，进行检查。