多发性囊肿可发生于身体不同部位，常见于卵巢、宫颈、肝脏、肾脏、胰腺、脾脏等部位，不同部位的多发性囊肿治疗方法不同，建议患者及时就医，明确囊肿的情况，并积极治疗。
1、临床观察：对于无明显症状，或较小的囊肿，如宫颈多发性囊肿、胰腺多发性囊肿，通常不需给予治疗，日常遵医嘱复诊即可，定期观察囊肿的生长速度，有无增长等，必要时进行干预；
2、药物治疗：对于女性的卵巢多发性囊肿，若无消失的迹象时，可给予口服避孕药治疗，干预囊肿的生长；
3、穿刺硬化：因囊肿内主要成分为病理性水质，可向囊肿内注射无水乙醇，使囊肿硬化，减缓囊肿生长速度，但此治疗方法存在一定复发的风险；
4、手术治疗：若囊肿已经影响脏器的正常生理功能，或出现伴随症状，需引流囊肿内液体，并进行手术切除囊肿。根据患者个人情况以及囊肿大小决定手术方式，切下的囊肿需及时送检，排除恶变可能。