眼睛飞蚊症可以滴用施图伦眼药水，或者酞丁安眼药水治疗，这两种眼水对轻症的生理性飞蚊症都有一定的作用，可以使飞蚊减少。可以在使用眼药水的时候适当口服药物，如沃丽汀或者适丽顺，也能治疗飞蚊，肌肉注射的药物普罗碘铵注射液也可以治疗飞蚊症。总体来说，如果是生理性飞蚊症，影子不多，也可以不使用药物治疗，可以进行临床观察。
如果飞蚊症突然变多、变大，用眼药水的效果也不很明显，可以使用玻璃体消融术，就是使用激光把比较大的飞蚊击碎，眼前的黑影就会变少。如果飞蚊症伴有眼前的闪光感或者黑影变大，要去眼科进行相关的检查。