癫痫病因包括结构性、遗传性、代谢性、感染性、免疫性和病因不明几个方面。代谢异常可使某些异常代谢物在体内集聚或正常物质缺乏，干扰神经系统等各系统的正常代谢，进而出现相应的临床表现，有癫痫发作、精神发育倒退或落后等。
遗传代谢性癫痫的预后与疾病的类型，及诊治是否及时有关系，部分遗传代谢型病例，如苯丙酮尿症。可通过病因治疗或生酮饮食，癫痫发作可以控制，预后较好。但错过早期的治疗机会，则会造成不可逆的神经系统损伤。个别代谢病如重症甘氨酸脑病，即使早期治疗，预后也是不乐观。所以大部分遗传代谢性癫痫，目前尚无特效的治疗方法，只能对症治疗，所以有些癫痫是可以遗传的。