球虫易感染非人动物，其中一小部分，如球虫和囊孢子虫能感染人类，免疫功能正常者感染后，可引起自限性腹泻，免疫缺陷人群则可能会引起严重腹泻。根据感染人群不同，球虫病的处理方式不同。
1、免疫功能正常人群：这类人群感染球虫病后，往往只引起自限性腹泻，小部分人急性感染时，可发生发热、腹痛和水样、非水样腹泻，并可持续数周或数月。腹泻严重者可以遵医嘱进行支持治疗，如使用口服补液盐，或服用止泻药，如蒙脱石散、盐酸洛哌丁胺胶囊等；
2、免疫缺陷人群：如艾滋病患者感染，可能会导致严重腹泻，如大量水样腹泻，且非自限。对于存在免疫缺陷的人群感染球虫病后，可遵医嘱使用复方新诺明片进行治疗。另外，还可以通过抗逆转录治疗提高免疫状态，缓解球虫病症状。
此外，建议平时注意卫生，尽量避免接触人类或动物粪便中的感染性卵囊，预防球虫感染。