尿痛、尿道流脓的病因不同，通常使用的药物也不相同，但所有的用药都要在就诊检查、明确病因后，遵医嘱使用，不可盲目自行用药。尿痛、尿道流脓最常见的原因为尿道炎，部分男性患者尿道流脓也可能为急性前列腺炎导致。
一、尿道炎：
1、淋球菌性尿道炎：如果患者被淋球菌感染引起尿道炎，则会出现尿痛、尿道流脓的症状。此时治疗常采用肌肉注射药物的方式，如注射头孢曲松钠、大观霉素等。如果肌肉注射不便，也可以口服一些广谱抗生素，对于淋球菌也有较好的治疗效果，如头孢地尼片、头孢克肟片、盐酸莫西沙星片、左氧氟沙星片、盐酸米诺环素胶囊、盐酸多西环素片等；
2、非淋球菌性尿道炎：如果患者尿道炎是由于衣原体、支原体、细菌等致病菌导致，患者也会出现尿痛、尿道流脓的现象。此类患者通常可以首选四环素类抗生素，如盐酸米诺环素胶囊、盐酸多西环素片等进行治疗。还可以选择大环内酯类药物，如红霉素肠溶片、罗红霉素胶囊、阿奇霉素片等。也可以选择头孢拉定片、左氧氟沙星片等抗生素。
二、急性前列腺炎：
急性前列腺炎的症状与急性尿道炎有时比较相似，多由革兰氏阴性菌或假单胞菌等细菌感染所致，患者也会出现尿痛、尿道流脓的现象。此时患者可以口服治疗前列腺的药物，如普适泰片、前列舒通胶囊、癃清片等，有助于消除前列腺的组织学炎症。然后辅助使用抗生素，如罗红霉素胶囊、头孢克肟片等。
对于尿痛、尿道流脓的患者在治疗期间应该注意多喝水，注意个人卫生，不要同房，少吃辛辣刺激的食物，不要喝酒。建议在治疗后也要进行尿常规检测，判断尿痛、尿道流脓是否治愈。