辅酶Q10对人体的副作用主要是偶尔见于胃肠道反应，包括恶心、呕吐、腹泻，但是在临床上这种情况非常少见。少部分人因为辅酶Q10引起过敏，这些过敏可以表现出皮肤的皮疹、瘙痒、药物疹这样的症状，吃了抗过敏的药或者停药以后，症状可以改善。
所以辅酶Q10在药物当中是副作用极少的一种药，辅酶Q10主要是治疗心肌炎、心肌病比较好的药，它可以进行身体氧自由基的清除，还可以给心肌修复提供一定的原料，有效改善心肌。所以在充分利用这个药物治疗优势的情况下，尽可能避免这些副作用，或者在副作用轻微、耐受的情况下，给予相应的处理，一般不会造成很严重的结果。