精子DNA碎片率升高，是影响男性生育的重要因素，可能使自然受孕率、试管婴儿的成功率下降，流产、胚胎停育的风险升高。精子DNA碎片率升高的患者，可以通过抗氧化治疗、对因治疗等方式进行治疗。
1、抗氧化治疗：目前认为精子DNA碎片率升高与精子的过氧化损伤有密切关系，因此患者通过使用抗氧化剂，以改善精子DNA碎片率，常用药包括维生素E、维生素C、左卡尼汀、辅酶Q10、谷胱胺肽、乙酰半胱氨酸等；
2、对因治疗：泌尿生殖道感染可以导致精子DNA碎片率升高，此时患者需使用抗生素进行治疗，如罗红霉素、左氧氟沙星等。精索静脉曲张也可以导致精子DNA碎片率升高，此时患者可以使用迈之灵片、胰激肽原酶肠溶片等药物进行治疗，如果药物治疗的效果不佳，则可以进行手术治疗，目前常用的手术方式为显微镜下精索静脉结扎术；
3、其他治疗：如果以上治疗效果不佳，患者需要考虑通过辅助生殖技术进行治疗，常用方式为人工授精和试管婴儿等。
精子DNA碎片率升高，常合并有少精子症、弱精子症、畸形精子症等情况，因此患者在治疗过程中也需要结合精液常规的结果，进行相应治疗。