肺结节消融手术相较于传统肺结节切除手术创伤更小，但由于肺结节消融手术的自身特性，进行此类手术仍可能存在损伤周边正常的细胞和组织、血管损伤、神经损伤、治疗局限的危害。
1、损伤周边正常的细胞和组织：肺结节消融手术能够通过高温灼烧杀灭肿瘤细胞，若肺结节较大、范围较广，有可能会在灼烧过程中损伤周边正常细胞和组织，影响周边正常的细胞和组织的功能；
2、血管损伤：肺结节消融手术属于有创手术，手术过程中可能会造成正常血管的损伤，导致局部血管供血异常，影响血管的正常功能，甚至失用，也会存在血管破裂、出血的情况；
3、神经损伤：肺结节消融手术可能会造成肺结节周围的神经损伤，可能会引起功能性改变，比如当手术损伤到喉返神经时，可能会导致患者在术后出现声音嘶哑的表现。当手术损伤肋间神经时，可能会导致患者出现肋间神经分布区域的明显疼痛；
4、治疗局限：对于面积较大的恶性肺结节，肺结节消融手术治疗比较局限，可能导致肿瘤细胞残留，存在术后反复发作，病情持续恶化的可能。