通常肛肠科属于外科，但由于部分医院设置不同，可能没有肛肠科，这时也可以到普通外科就诊，而且肛肠科常会涉及手术治疗，因此肛肠科常属于外科。若患者存在肛肠疾病但不确定就诊科室时，也可以到分诊台咨询再去相关科室就诊。
肛肠科治疗的疾病较多，主要为各种痔疮、肛裂、肛周脓肿和肛瘘。但由于医院不同，肛肠疾病划分也有所不同，存在大肛肠和小肛肠区别。小肛肠主要指单纯肛门直肠疾病，如痔疮、肛瘘、肛裂，还包括肛门狭窄、直肠阴道瘘、肛乳头瘤等外科疾病，以及溃疡性结肠炎、直肠息肉、结肠息肉等。而大肛肠还包括结直肠疾病，如结肠癌、直肠癌、肠梗阻、肠粘连等外科疾病。
因此，肛肠科无论从学术或临床划分均属于外科系统，治疗以手术为主，但也治疗部分内科疾病，主要先采取保守治疗，如高锰酸钾坐浴等，若保守治疗无效时再考虑手术治疗。此外，肛肠科也属于中医特有专科，属于传统中医学重要组成部分，在学科划分中属于中医外科学。此外，肛肠科较早在部分医院的名字为痔瘘科，后改名为肛肠科。