肛瘘没有特效药。无论是口服药物还是外用药物都不可能治愈肛瘘，治愈肛瘘的唯一手段是进行手术治疗。因为肛瘘是由于肛窦(可以简单理解为直肠肠壁上容易感染的正常生理结构)发生了感染，并且感染通过长期的发展向外蔓延，最终侵破皮肤而形成。因此当肛瘘形成之时，慢性的感染性窦道已经形成，窦道的壁(也就是肛瘘的瘘管)都是慢性炎症形成的不健康的肉芽组织，不是正常的能够完成自我修复。同时肛瘘的根部又是慢性的反复发生感染的结构又称肛窦，因此肛瘘不可能自行愈合，只有通过手术切除，去除不健康的肛瘘组织。然后让健康的组织生长填满原来瘘管的位置才能痊愈。因此肛瘘没有特效药。换句话说任何单纯用药治疗肛瘘根本不可能治好。得了肛瘘只有一个治愈的方法就是尽早手术。
