判断反流性食管炎患者的严重程度后，需消除诱因，合理选择药物。治疗目的是快速缓解症状、治愈反流性食管炎，维持缓解、减少复发、预防并发症，提高生活质量。
一、一般治疗
抬高床头15~20cm，可减少卧位及夜间反流。睡前2~3小时不宜再进食，白天进餐后不宜立即卧床，肥胖者减轻体重可以减少反流。
二、药物治疗
1、质子泵抑制剂：质子泵抑制剂可产生显著而持久的抑酸效果，缓解症状快，是糜烂性食管炎的首选药物，常用药物为奥美拉唑、雷贝拉唑等。但停药后患者病情会复发，因此需进行维持治疗。但需强调的是服用该类药物应早餐前给药，药物剂量一定要足，疗程8周。
2、H2受体拮抗剂：对夜间胃酸分泌抑制明显，可缓解轻至中度患者的症状。但对C级以上的反流性食管炎愈合率差，长期服用会产生药物耐受。常用药物如雷尼替丁、法莫替丁等。
3、促动力药：单独使用疗效差，PPI(质子泵抑制剂)效果不佳时，考虑联合应用促动力剂，特别是食管下括约肌压力降低、食管动力减弱和胃排空延迟的患者。常用有莫沙必利、伊托必利等。
4、制酸剂：可中和胃酸，常用的药物是含有铝、镁、铋等碱性盐类及其复合制剂，可用于解除症状，对反流性食管炎的愈合几乎无作用，但铝碳酸镁有吸附胆汁的作用，常用的药物有铝碳酸镁。
三、手术治疗
抗反流手术是不同术式的胃底折叠术，目的是阻止胃内容反流入食管。对于需要长期使用大剂量质子泵抑制剂维持治疗的患者，可以根据患者的意愿来决定抗反流手术。对确诊由反流引起的严重呼吸道疾病的患者，质子泵抑制剂疗效欠佳者，可考虑手术治疗。