胃食管反流病的治疗包括抑制胃酸分泌、保护胃黏膜、促进胃肠动力、抗焦虑等保守治疗，若患者症状未见明显缓解，且症状较严重，影响正常生活，还可进行手术治疗。
一、一般治疗
1、改变不良生活方式：减轻体重，尽量将BMI控制在小于25，改变睡眠习惯，抬高床头15~20°，睡前三小时不再进食。戒烟、限制饮酒。
2、去除病因：避免降低食管下括约肌压力的食物，如浓茶、咖啡、可乐、巧克力等。避免服用降低食管压力和影响胃排空的药物，如硝酸甘油、抗胆碱能药物、茶碱、钙通道阻滞剂等。减少引起腹压增高因素，如肥胖、便秘、避免穿紧身衣、长时间弯腰劳作等。
3、合并症的治疗：如有上消化道出血，应禁饮食并给予补液等营养支持治疗。
二、药物治疗
1、质子泵抑制剂：
（1）抑酸起效迅速、作用持久，是胃食管反流病治疗的首选药物。短期或长期应用质子泵抑制剂不良反应均相对较少，适用于症状重、有严重食管炎的患者。奥美拉唑、艾司奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑和雷贝拉唑等。经规范质子泵抑制剂治疗后，大部分胃食管反流病患者的反酸、烧心等症状可完全缓解，但仍有高达30%的胃食管反流病。患者症状控制欠佳，如经标准剂量质子泵抑制剂治疗八周后，胃食管反流病症状仅部分缓解或完全无缓解，被认为是难治性胃食管反流病，需调整治疗方案。
（2）质子泵抑制剂短期应用的潜在不良反应包括白细胞减少、头痛、腹泻、食欲减退。长期应用的不良反应包括维生素缺乏、矿物质缺乏、继发性感染、骨质疏松、髋部骨折、肠道菌群移位等，不良反应明显者可更换质子泵抑制剂。
2、H2受体拮抗剂：
（1）通过抑制胃黏膜壁细胞H2受体，能减少50%~70%24小时基础胃酸分泌，该类药物易受饮食影响，抑酸持续时间短，且患者容易快速耐受，适合于轻、中症患者。常用药物有西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁和罗沙替丁等。用于短程治疗和维持治疗时，食管炎的治愈率和症状缓解率不如质子泵抑制剂，但安全性好。
（2）如患者年龄大、伴肾功能损害和其他疾病时，易产生不良反应，常见腹泻、头痛、嗜睡、疲劳、便秘等，因此老年胃食管反流病患者需慎用。
3、促胃动力药：
（1）促胃肠动力药可以增加食管下括约肌压力、刺激食管蠕动、增强食管收缩幅度、促进胃排空，从而达到减少胃内容物食管反流及减少其在食管的暴露时间。多潘立酮为一种作用较强的多巴胺受体拮抗剂，具有外周阻滞作用，可增加食道下部括约肌张力，防止胃食管反流。莫沙必利为新型5-HT4受体激动剂，直接作用于肠肌间神经丛，促进乙酰胆碱释放，增强胃及十二指肠运动，生物利用度高，不良反应少。伊托必利是一种新型促动力药，具有阻断多巴胺D2受体及抑制乙酰胆碱酯酶活性的双重作用，但对食管下括约肌压力无明显影响。促动力药不推荐单独用于胃食管反流病的治疗，多与抑酸药联合使用。
（2）促动力药物存在一定的不良反应，如腹痛、腹泻、口干等消化系统以及心悸、心电图QT间期延长等心血管系统不良反应，多潘立酮亦可使血催乳素水平升高，引起非哺乳期泌乳等。
4、黏膜保护剂：
（1）主要包括铝碳酸镁、硫糖铝和三钾二枸橼酸铋等，此类药物能快速中和胃酸，在受损黏膜表面形成保护膜以隔绝有害物质的侵袭，从而有利于受损黏膜的愈合。但药效持续时间较短，不能充分治愈食管炎及预防胃食管反流病并发症。
（2）黏膜保护剂不良反应较少，少数患者可引起便秘、皮疹、消化不良、恶心等。
5、抗抑郁或焦虑治疗：食管对酸的高敏感性，是难治性胃食管反流病的重要发病机制之一，对久治不愈或反复发作者，应考虑精神心理因素可能，治疗药物包括三环类抗抑郁药和选择性5⁃羟色胺再摄取抑制剂等，可用于伴有抑郁或焦虑症状的胃食管反流病患者的治疗。
三、手术治疗
1、胃食管反流病的内镜治疗：目前用于胃食管反流病的内镜下治疗手段主要分为射频治疗，内镜下胃腔内缝合、折叠治疗，内镜下注射或植入技术类。
2、抗反流手术：能减少反流次数及控制反流症状。适应症有存在病理性酸反流、药物抑酸不足或药物治疗有效但患者不愿意长期服用药物。