一旦确诊机体感染沙门菌，应及时进行有效的治疗，通常治疗沙门氏菌感染主要包括对症处理，即针对病原体治疗，可以进行补液治疗、糖皮质激素治疗、抗菌药物治疗等，具体如下：
1、补液治疗：对于急性胃肠炎患者应及时纠正水及电解质失衡，轻中度脱水者可给予口服补液治疗。
2、糖皮质激素治疗：中毒症状严重并循环衰竭的患者应静脉补液，必要时可采用糖皮质激素治疗，一般没有并发症的患者，不需要使用抗菌药物。
3、抗菌药物治疗：对于年老、年幼免疫缺陷患者，以及伤寒型、败血症型、局部化脓感染型的患者，应该采用抗菌药物治疗，疗程在两周左右。通常根据临床分离到细菌的药敏试验结果，选用敏感抗菌药物进行治疗，可选用氟喹诺酮类药物和第三代、第四代头孢菌素，包括环丙沙星、加替沙星、莫西沙星、头孢吡肟等。儿童和孕妇应首先选用的第三代头孢菌素，如头孢噻肟、头孢哌酮、头孢他啶等。