马奶本身并没有副作用，正常喝马奶或进食马奶制品也不会对身体造成不良影响。但对于存在乳制品过敏或一次性喝太多马奶的人群，可能会出现过敏反应、腹胀、腹痛、血脂升高等副作用。
马奶中富含蛋白质、脂肪、糖类、磷、钙、维生素、尼克酸、肌醇等多种营养成分，健康人群适量喝马奶或进食马奶制品，能够帮助身体补充营养物质。但如果是对乳制品过敏的人群喝马奶，可能会出现皮疹、瘙痒、呼吸不畅等过敏症状。同时由于马奶中蛋白质、脂肪等含量较多，如果一次性进食太多马奶制品或喝太多马奶，可能会诱发高血脂、胃痛、胃胀等副作用。
马奶中虽然营养成分较多，但建议对乳制品过敏的人群尽量避免接触。此外，存在脂肪肝、高血脂以及消化不良等疾病的人群，也要控制马奶的摄入量，以免加重机体不适症状。