冬瓜排骨汤有一定的利尿、清热等作用，通常情况下正常人群喝冬瓜排骨汤并没有什么禁忌，一些特殊人群，比如过敏、胃肠道疾病、高尿酸血症及痛风等人群建议不喝或不要大量喝冬瓜排骨汤。此外还应注意摄入量以及食材的新鲜程度。
1、不适宜的人群：对冬瓜或者排骨过敏的人群应避免喝冬瓜排骨汤，以免造成皮炎、丘疹等过敏现象。由于冬瓜中含有较丰富的纤维素，对于患有胃肠道疾病的人群，大量饮用可能会加重腹痛、腹泻等症状。排骨中含有较多的嘌呤，在炖煮的过程中会释放入汤内，高尿酸血症及痛风人群应尽量避免喝冬瓜排骨汤，以免加重病情；
2、控制摄入量：虽然冬瓜排骨汤有较多的营养价值，但是由于含有的蛋白质、脂肪等物质较丰富，单次喝较多可能会加重胃肠道负担，应控制摄入量；
3、食材应新鲜：冬瓜属于新鲜蔬菜，储存时间较短，应及时食用，避免食用存放时间较长的冬瓜、排骨。如果喝不完，应及时放于冰箱中，但也不可存放过久。
此外，中医上还认为冬瓜是寒性食物，体质寒凉如宫寒、胃寒的人群，不宜经常大量喝冬瓜排骨汤。日常做冬瓜排骨汤时，应将食材全部煮熟后食用，避免摄入生肉引起不适症状。