半合子变异是指X染色体上发生基因突变，一般可能会引起智力低下，另外智力低下还可能是营养不良、先天性智力障碍或遗传代谢性疾病、脑部损伤等原因导致。
一、半合子变异引起智力低下：
半合子变异会使染色体上的基因发生突变，可能会缺少一种酶导致代谢出现异常，可能会影响大脑，导致大脑代谢异常，出现损伤，引起智力低下，一般属于先天性因素，没有特效药物治疗。
二、其他因素引起智力低下：
1、营养不良：如果长期挑食、偏食，蛋白质或维生素摄入不足，会导致大脑营养供应不足，大脑没有养分支持，就会出现发育迟缓、反应慢以及智力低下等症状。这时家长应注意给孩子补充蛋白质含量高的食物，如牛肉、牛奶或鸡蛋等，保证营养均衡；
2、先天性智力障碍：如果在分娩过程中羊水过少，会导致胎儿宫内缺氧，可能会引发脑瘫，使大脑功能障碍，会导致智力低下。先天性智力障碍症状轻的，可以在医生指导下使用谷氨酸、注射用鼠神经生长因子等药物进行治疗；
3、遗传代谢性疾病：如果患有先天性肝豆状核变性，会使大量铜储存在各种重要的器官中，使细胞功能被破坏，会导致精神损害，从而出现智力低下的情况，这时患者可以在医生指导下使用氨肽素硫酸锌片、葡萄糖酸锌颗粒等药物阻止铜沉积；
4、脑部损伤：外力作用导致的颅脑损伤可能会损伤功能区，导致神经功能缺失，出现意识障碍、智力下降、精神错乱等症状，此时可以通过使用单唾液酸四己糖神经节苷脂钠、脑苷肌肽注射液、注射用鼠神经生长因子改善症状。
如果检查时发现半合子变异，患者需要及时就诊于神经内科，遵医嘱进行基因检查、颅脑CT检查等，明确可能会导致的危害，并遵医嘱进行针对性治疗。