新生儿胆道闭锁是一种进展性的胆管硬化性病变，很多病儿出生时能排泄胆汁，以后发展成为胆管闭锁，其病因有多种学说，先天性发育畸形学说、胚胎发育异常学说，新生儿胆道闭锁可能与染色体异常有关。
一、主要病因
1、围生期学说：正常的胆道系统已经发育完好、围生期的病毒感染引发的免疫应答争致肝外胆道的炎症和纤维化，可能相关的病毒有呼肠弧病毒、巨细胞病毒、呼吸道合胞病毒、人乳头病病毒、单纯疱疹病毒、轮状病毒及EB病毒。近年来，有研究报道胆道对于dSRNA病毒的天然免疫应答可能是发病机制之一。
2、胚胎学说：在胚胎发育过程中胆道受到了某种损伤，继而在出生时表现出胆道的畸形。相对应的，解剖学的因素(如肝动脉畸形)也可致出生时表现胆管闭塞。
二、诱发因素
母体长期应用广谱抗生素、糖尿病、大量应用免疫抑制剂以及接受大量雌激素治疗等。导致婴儿机体免疫力低下，出现新生儿胆道闭锁。