胃蛋白酶原2临床上用胃蛋白酶原Ⅱ表示，胃蛋白酶原Ⅱ与胃底黏膜病变有关，其降低通常提示胃底黏膜萎缩，甚至有恶变的可能，可能提示为萎缩性胃炎或胃癌，这个指标一般不会受饮食影响，但不能作为确诊手段，需要结合其他相关检查来明确诊断。
胃蛋白酶原Ⅱ是胃蛋白酶原根据免疫活性特征分成的亚群，是由分布于胃底腺的主细胞及颈黏液细胞分泌，或胃窦黏液细胞及近端十二指肠的Brunner腺等合成而来，主要反应胃黏膜腺体和细胞的数量，也间接反应胃黏膜不同部位的分泌功能。当胃黏膜发生病理变化时，血清胃蛋白酶原Ⅱ含量也随之改变。
萎缩性胃炎有可能发展为胃癌，所以一旦发现，应尽早开始治疗，萎缩性胃炎多由幽门螺杆菌感染引起，应进行根除幽门螺杆菌治疗，可使用质子泵抑制剂药物如兰索拉唑、胃黏膜保护剂如胶体果胶铋，以及联合使用克拉霉素、阿莫西林等两种抗生素药物进行治疗。日常饮食应避免进食洋葱、辣椒等辛辣刺激性食物，尤其注意避免饮酒。