柴胡苗与柴胡都具有疏散退热、疏肝解郁、升举阳气的功效。柴胡苗是指柴胡的茎、叶，而柴胡多指柴胡的根，因此两者的功效基本没有区别，如果非要进行比较，柴胡的功效可能更好一些。
植物柴胡的各个部位都有丰富的化学成分，其中柴胡的根通常是柴胡的药用部分，为了便于使用，通常被加工成片。柴胡是伞形科植物柴胡或狭叶柴胡的干燥根，而柴胡苗属于其茎、叶。柴胡的味道辛、苦，性微寒，归肝、胆、肺经，具有疏散退热、疏肝解郁、升举阳气的功效，可用于感冒发热、寒热往来、胸胁胀痛、月经不调、子宫脱垂、脱肛等病症的治疗。由于柴胡的根一般可入药，因此柴胡的功效比柴胡苗的功效大一些。
柴胡性微寒，脾胃虚寒者应慎服，阴虚阳亢者尽量不要服用，因为柴胡具有升举阳气的功效，可使体内阳气上举，使病情加重。使用柴胡期间也应避免进食辛辣、生冷的食物，如生姜、辣椒、小茴香、苦瓜、西瓜、生鱼片等，同时避免饮酒，防止阻碍药效的发挥。
柴胡的使用需要专业医生的指导，患者可前往医院的中医内科，通过望、闻、问、切等检查进行辨证论治，从而判断病症，并遵医嘱应用药物。