在人体免疫力下降或者感染艾滋病等严重疾病后，真菌会通过多种途径侵入体内，引起脑膜炎症。本病的主要病因就是真菌感染。
一、主要病因
1、新型隐球菌感染：该菌存在于土壤及鸽粪中，鸽子是最重要的传染源。鸽粪进入土壤，干燥后引起尘土飞扬，含有新型隐球菌的泥土颗粒及干燥的真菌颗粒随呼吸进入肺泡，并在体内迅速形成荚膜。有荚膜的新型隐球菌具有致病性和免疫原性，并与机体发生免疫反应，当存在机体抵抗力降低，免疫功能受抑制或头部外伤等条件时，将发生中枢神经系统感染。
2、念珠菌感染：念珠菌广泛存在于自然界，特别是奶制品、水果、蔬菜中，属人类正常菌群之一。念珠菌中的白色念珠菌是中枢神经系统感染中最常见的菌种，约占念珠菌中枢神经系统感染的90%左右。念珠菌感染仅发生于长期应用广谱抗生素、恶性肿瘤化疗、长期应用皮质固醇类激素、糖尿病、药物依赖或艾滋病等免疫抑制状态的患者，不发生于正常健康人群。
3、曲霉菌感染：属曲霉属，它广泛分布于自然界、土壤、植物、空气，正常人的面颊、趾间和外耳道，属条件致病菌。曲霉菌有200多种，其中约有9种可引起中枢神经系统感染，它们是烟曲霉、白色曲霉、黄曲霉、米曲霉、灰绿曲霉、杂色曲霉、土曲霉、萨氏曲霉等。其中烟曲霉和黄曲霉是引起人类曲霉菌感染的主要病原体。
4、组织胞浆菌性脑膜炎：组织胞浆菌广泛存在于鸡、鸽和蝙蝠等鸟类的粪便中，多经呼吸道进入肺部，然后经血液传播至全身、脑和脑膜而致病；极个别病例可经脑部手术或穿刺的直接植入颅内而致病。
5、毛霉菌性脑膜炎：毛霉菌乃是一种极普通的真菌。常见于果类、淀粉类物质、土壤和腐败植物中，也常为实验室的常见污染菌，健康人的鼻咽部和粪便中常可培养出此菌。
二、诱发因素
1、药物：长期应用广谱抗生素、糖尿病、大量应用免疫抑制剂以及接受大量类固醇激素治疗等，导致机体免疫力低下。
2、疾病：艾滋病、皮肤真菌感染、真菌感染性肺炎。
3、器官移植：器官移植后，大剂量排异药物的应用，会导致免疫力下降。