苯丙氨酸对于正常人来说没有危害，人体在正常的代谢过程中会产生苯丙氨酸和天门冬氨酸等降解物，这些物质对于人体的健康而言没有较大的危害性。苯丙氨酸可转化为身体所需的营养成分，参与整个身体机能，并无有害之处，无需过于担心。
但是对于苯丙酮尿症者，苯丙氨酸可能会影响正常的生长发育。因自身正常的生理代谢无法完成，存在代谢缺陷，当该类物质在体内聚集过多时，可能会影响正常的生理机能，对身体健康会造成一定的影响，可表现为皮肤颜色变浅、头发变黄，同时也可伴随发育迟缓、行为认知异常等表现，所以对于这类患者而言，应该严格控制苯丙氨酸的摄入量。一般应以淀粉类、蔬菜、水果等低蛋白食物为主，将苯丙氨酸的浓度控制在＜6mg/dl，此时一般对人体无害。