益生菌是通过定植在人体内，对于宿主有益的活性微生物，它可以通过调节局部黏膜与系统免疫，或者通过调节肠道菌群平衡，改善营养吸收，保持肠道健康，最终达到有利于机体健康这样一类微生物。
目前我国常用的益生菌包括益生细菌、益生真菌，益生细菌包括双歧杆菌、枯草杆菌、地衣芽孢杆菌，益生真菌包括布拉酵母菌。这些益生菌主要用于治疗消化不良，辅助治疗胃肠动力紊乱以及菌群失调。益生菌的服用时间，临床建议是在餐后，进餐以后胃内的pH值可以趋于中性，这样可以很大程度上保护益生菌免受胃酸的损伤，此外益生菌的服用应当于抗生素的使用之间隔开2-3个小时，避免抗生素杀灭益生菌。