扎脑针也就是在头部穴位进行针刺，也叫做头部针刺。如果操作正确，头部针刺没有危险，比较安全，如果操作不正确，会存在一定危险。进行扎脑针操作需要在专业医院专业医生下进行，不可擅自操作。
进行扎脑针操作时，需要避免针刺到大脑，刺到颅内，通常像骨骼接缝、额骨和顶骨交界的冠状缝、顶骨和枕骨交界的人字缝，这些缝隙地方较紧密，如果操作正确，力度准确，一般很难针刺到颅内造成伤害，因此较安全。但操作者还需注意接近脑干处的穴位，如风池、风府、哑门、天柱等，处在颅颈交界处，若出现针刺的角度不对，或者深度掌握不好，可能会碰到颈髓，甚至针尖再斜着往上，可能会碰到延髓脑干部位。不管是颈髓还是延髓，都是人体较重要的中枢神经系统，如果操作失误会导致患者出现头晕、头痛、肢体麻木、行走困难等不良反应。因此，如果操作不当，会存在一定的危险。
需要注意的是，不是所有人都适合头部针刺，如年龄小于一岁半的幼儿，此时囟门没有完全闭合，囟门处的穴位不能进行针刺，若存有脑血管疾病的患者，如果颅骨存在缺失的地方，也不能进行针刺。