吃甲鱼可能会诱发过敏反应，因为甲鱼中富含多种蛋白质，而蛋白质是引起过敏症状的常见诱因，如果对其中的一种或多种蛋白质有过敏反应，吃甲鱼后就会出现过敏。但不是所有人都对甲鱼过敏，如果患者体内没有特异性抗体，一般不会产生过敏反应，可以正常食用甲鱼。
若食用者对甲鱼中营养物质过敏，吃了甲鱼后，其过敏原进入机体与体内特异性免疫细胞相结合，可释放组胺、白三烯、前列腺素等致敏介质，从而导致皮疹、瘙痒、皮肤红肿，甚至心率加快、呼吸困难等症状。所以过敏体质，尤其是曾对海鲜有过敏情况的人群，建议测试是否对甲鱼过敏后再食用。
此外，如果患者在食用甲鱼后出现了过敏反应，建议立即停止食用甲鱼，病情较重者，应立即前往医院进行治疗。若只是局部皮肤症状，可以遵医嘱服用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等抗过敏药物进行治疗。