冰糖木瓜的功效主要为生津止咳、滋补润肺以及和胃化湿，通常可用于辅助治疗脾胃气虚、肺燥咳嗽、筋脉拘挛、吐泻转筋等病证。但由于食疗的作用通常并不明显，也无法起到治疗疾病的作用，因此若患者患有上述病证，建议积极前往医院就诊治疗，避免盲目进行食疗。
冰糖属于生活中比较常见的食物，主要作用为和胃润肺、止咳化痰，比较适合于脾胃气虚和肺燥咳嗽的人食用，食用后可能会对病情起到一定的缓解作用。木瓜主要的作用为舒筋活络、和胃化湿，通常情况下可用于辅助治疗筋脉拘挛、吐泻转筋等病证，《随息居饮食谱》中还记载木瓜能够起到调气、和胃以及养肝的作用，同时还具有舒筋、息风以及祛湿的功效。
冰糖和木瓜两者制成冰糖木瓜能够使两者的功效得到更好的发挥，且两者之间并不会发生相互作用。但由于冰糖的含糖量较高，因此建议糖尿病患者或血糖高的人群尽量避免进食过多冰糖木瓜，以免导致血糖升高，出现血糖控制不佳的情况。