一般来说核磁共振检查是一种比较安全的检查，对人体一般没有副作用。但是如果患者体内置入铁磁性的器材，就可能会产生一定的影响，或者在做增强扫描时注射的造影剂对人体会产生不良反应。
核磁共振检查是利用射频电磁波对位于磁场中的人体原子核进行激发，发生磁共振现象，然后通过感应线圈来接受这些磁共振信号进行进一步处理得到磁共振图像。与CT及X线检查不同，核磁共振检查没有辐射，因此一般对人体没有副作用。但由于核磁共振时间较长，部分患者可能会因长期处于密闭空间导致心慌、胸闷等，一般做完检查症状便会缓解。
此外，如果患者体内有金属置入物，就可能会有一定的危险性，在进行核磁共振时可能会导致金属置入物受到磁场干扰，使其位置发生变化，导致功能紊乱，扫描时间过长时还会导致金属置入物发热，导致灼伤。磁场还可能会影响心脏起搏器的工作，从而引起房颤、室颤甚至死亡的风险。增强扫描时通常需要向体内注射对比剂，可能会引起患者轻微的头痛、恶心、呕吐等不适，但通常反应较轻，呈一过性表现。
尽管一般情况下核磁共振检查对人体没有扫描副作用，但仍然建议高热患者不要进行此项检查，磁场可能会导致患者体温继续升高。怀孕3个月以内的孕妇也要谨慎选择核磁共振检查，体内有金属置入物的人群需避免进行该检查。